Teren rezerwatu jest płaski, a różnice wysokości nie przekraczają 2 m. Większą część obszaru (około 80%) pokrywają drzewostany 100 - 170 letnie, pozostały teren zajmują drzewostany młodsze 25 - 50 letnie.

Głównymi komponentami drzewostanów są: dąb bezszypółkowy, sosna zwyczajna, i brzoza brodawkowata. Jako gatunki domieszkowe występują tu: lipa drobnolistna, osika, świerk i modrzew europejski. W piętrze dolnym starych drzewostanów przeważa dąb bezszypułkowy, sosna, grab i brzoza. Warstwa krzewów złożona jest głównie z kruszyny, jarzębiny, jałowca, rzadziej występuje tu dereń, tarnina i leszczyna. Runo jest bardzo bogate, stwierdzono 110 gatunków roślin naczyniowych i 30 gatunków mchów. Z ciekawszych gatunków należy wymienić: lilię złotogłów, turówkę leśną, miodownika melisowatego, naparstnicę żółtą, dziurawca skąpolistego, czworolista kończystego, orlka pospolitego, rozchodnika wielkiego i pięciornika białego.

Panującym zespołem roślinnym jest w rezerwacie subborealny bór mieszany, charakteryzujący się m.in. przewagą dębu bezszypułkowego i elementów świetlistej dąbrowy. Objęcie ochroną zachowanego na większości powierzchni naturalnego zbiorowiska leśnego, z dominującym dębem bezszypułkowym, ma szczególne znaczenie z uwagi na rzadkość zachowanych tego typu obszarów leśnych. Obecnie na podobnych siedliskach zamiast bogatych wielogatunkowych drzewostanów występują monokultury z ubogim runem, co spowodowane jest błędną, ale preferowaną od dziesiątków lat gospodarką leśną.

Bogaty, naturalny charakter flory rezerwatu "Zegrze" sprawia, że jest on zamieszakiwany bądź też odwiedzany przez liczne gatunki zwierząt. Stwierdzono tu m.in. ryjówkę aksamitną, mysz zaroślową, smużkę, orzesznicę, kilka gatunków nietoperzy, sarnę, lisa, dzika, dzięcioła czarnego i dudka. Rezerwat "Zegrze" jest otwarty dla turystów, ale można go zwiedzać tylko korzystając z dróg biegnących po obrzeżach lub przecinających go.